[Python与R转换] Scanpy h5ad与Seurat rds转换工具

SeuratDisk

先转成.h5seurat格式，再转成h5ad

library(SeuratDisk)

SaveH5Seurat(seu_merged,
             filename = "F:/Work/scvi_scRNA.h5seurat",
             overwrite = TRUE)

Convert("F:/Work/scvi_scRNA.h5seurat",
        dest = "h5ad",
        overwrite = TRUE)

library(Seurat)
library(SeuratDisk)

Convert("F:/Work/scvi_scRNA",
        dest = "h5seurat", overwrite = TRUE)

seu <- LoadH5Seurat("F:/Work/Age_LN/AegLN/QC_plots/scvi_scRNA.h5seurat",
                    meta.data = FALSE)

scBridge

这次在python 尝试了scvi取批次和neighbor，h5ad转换到seurat对象失败了，正好在微信公众号看到了一个很好的开源项目 ，运行流畅，感谢作者

https://github.com/xiaoqqjun/scBridge

remotes::install_github("xiaoqqjun/scBridge")

#首先安装着两个包
library(scBridge)
library(reticulate) #这个是让R调用python的包

# 这里是我们之前用python创建的虚拟环境
# 虚拟环境里要有scanpy pandas numpy scipy 这几个库
use_condaenv("scvi-env", required = TRUE)

# 读入R
seurat_obj <- py2seurat("F:/Work/scvi_scRNA.h5ad")

library(scBridge)

# Convert Seurat object to h5ad
seurat2py(seurat_obj, "output.h5ad")