CIBERSORTx结合scRNA-seq的反卷积

CIBERSORTx

CIBERSORT：22种白细胞的来源是外周血分选/纯化后的 bulk 测序。

CIBERSORTx：结合 scRNA-seq 自定义参考细胞图谱 Signature matrix；目前没有 R 包，需要通过官网生成。

https://cibersortx.stanford.edu/

https://cibersortx.stanford.edu/upload.php

网站使用

参考：https://mp.weixin.qq.com/s/M0xleUL5NZXCl8McoYN55A

首先需要用教育邮箱注册账号并登录，Menu-Tutorial查看教程

1. 准备单细胞矩阵文件，或者使用网站自带的demo；这里演示的使用它自带的模型，因为我们没有注释好的单细胞数据
2. 准备你的**mixture file , 即表达矩阵文件**

需要txt文件，没有引号，没有取过log

write.table(m1,file = "docu/DSP_select_CD11ccount_matrix.txt", sep="\t",quote = FALSE, row.names = FALSE)

3. 上传文件 ：Menu-Upload Files

4. 上传文件，这里选择mixture

5. Menu-Run CIBERSORTx
6. 1. Create Signature Matrix板块选择 Custom Mode

7. 得到结果 Download-CSV

将scRNA数据作为先验模型去推断bulkRNA数据中免疫细胞组分

利用Bayes’theorem及吉布斯采样(Gibbs sampling)减少技术性批次效应和生物学差异

https://lishensuo.github.io/posts/bioinfo/082bayesprism%E5%8C%85%E6%A0%B9%E6%8D%AEscrnaseq%E9%A2%84%E6%B5%8Bbulk%E7%BB%86%E8%83%9E%E7%BB%84%E6%88%90/